Faktor-faktor yang dapat mempengaruhi pertumbuhan miselium bisa berupa factor fisik, kimia ataupun biologi. Diantaranya yaitu suhu, pH, kelembaban, kandungan air, O2, CO2, kualitas kultur jamur (F0), dan kontaminan.
Miselium jamur tiram akan tumbuh optimal pada suhu 25 C dan kelembaban udara pada 85-95% serta pH pada 5,5-6-5. Selama pertumbuhan miselium akan terjadi perubahan pH (akibat dari perombakan lignoselulosa menjadi senyawa-senyawa organic), oleh karena itu perlu ditambahkan kapur untuk mempertahankan kstabilan pH.
Miselium senang pada kondisi semi anaerob yang berarti hanya butuh oksigen dalam kadar yang sedikit saja, dan berkebalikan dengan kebutuhan CO2, miselium suka dengan kondisi CO2 yang tinggi yaitu sekitar 22-28%.
Kualitas kultur jamur F0 pun harus baik, agar mendapatkan bibit F1 yang baik pula. Ciri-ciri bibit F0 dengan kualitas baik adalah miselium yang tumbuh pada media PDA terlihat putih tebal dan  tidak terkontaminasi.
Hal yang harus dihindasi selama proses pertumbuhan miselium adalah kehadihan kontaminan. Karenanya pastikan anda untuk selalu menjaga ksteruilan bibit, media tanam, dan peralatan yang digunakan pada sat penanaman bibit. Kehadiran kontaminan dapat menjadi pesaing dalam mendapatkan nutrient pada substrat, yang menyebabkan penurunan hasil jamur bahkan tidak bias panen sama sekali.